Τα Τομεακά Προγράμματα είναι ειδικά προγράμματα για συγκεκριμένους κλάδους της γεωργίας, όπως μελισσοκομία, οίνος, οπωροκηπευτικά, ελαιόλαδο και λυκίσκος, και δεν μπαίνουν στην ΟΣΔΕ αλλά έχουν ξεχωριστές αιτήσεις. Στόχος τους είναι να βοηθήσουν οργανώσεις παραγωγών να βελτιώσουν την παραγωγή, την ποιότητα και την αγορά των προϊόντων τους. Για παράδειγμα, στο οίνο δίνονται χρήματα για προώθηση και αναδιάρθρωση αμπελώνων. Οι δικαιούχοι είναι συνήθως Οργανώσεις Παραγωγών (ΟΠ) ή ενώσεις, όχι ατομικοί αγρότες. Ο προϋπολογισμός είναι περίπου 500-600 εκατομμύρια ευρώ για την περίοδο. Οι αιτήσεις γίνονται σε ειδικές προσκλήσεις από το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης.
